Die Vorgeschichte dieser Kirche geht auf eine Klostergründung von Graf Heinrich von Oldenburg zurück. Er erwarb die Wasserburg Schune, die am Forellenbach in Vlotho lag, im Erbgang vom Grafen vom Ravensberg, welcher die Wasserburg während des Interregnums (1250-1275) dem Bischof von Minden abgetrotzt hatte. Der Oldenburger baute eine neue Burg auf dem Amtshausberg, weil die Burg Schune nicht mehr den militärischen Anforderungen der Zeit genügte. Die alte Burg am Forellenbach überließ er 1258 den Zisterziensernonnen als Kloster Segenstal. Die Klosterkirche wurde erst 1325 fertig gestellt und von Bischof Ludwig von Minden dem Heiligen Georg geweiht. 1368 zerstörten Truppen der Stadt Minden in einer Fehde gegen Lippe die Stadt und das Kloster fast völlig. Nach dem Wiederaufbau der Kirche um 1430 bezogen Mönche aus dem Kloster Loccum das Gebäude und blieben bis zur Reformation dort.
Der letzte Mönch, Pater Lambertus, trat über zum neuen Glauben der Reformation. Im Laufe der Entwicklung wurde schließlich 1560 die evangelisch-lutherische Kirchengemeinde Vlotho gegründet. Damals setzte Wilhelm von Jülich-Berg, der auch Graf vom Ravensberg war, den ersten lutherischen Pfarrer ein. Es war Arnold Siderius. Heute gehört die Kirche zur Landeskirche von Westfalen.
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